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先导化合物发现研究方案 --肿瘤相关蛋白靶向小分子药物筛选

1调研

1.文献检索:可以使用NCBI Pubmed数据库查阅文献。使用NCBI Entrez Gene数据库查阅蛋白质和肿瘤的相关研究信息。也可以使用NCI网站查阅肿瘤相关基因的信息。

2.明确靶标:确定肿瘤相关基因的DNA和蛋白质的序列。一般以Refseq序列为基本标准。NCBI SNP数据库和OMIM数据库检索,确定基因的改变(INDEL、Translocation、Fusion)与肿瘤的关系。

3.明确研究进展:使用NCBI blast蛋白质结构是否已完全解析。如果已经完成,到PDB 数据库下载相关蛋白质的结构数据。如果尚未完成,考虑使用swiss-model进行同源模建。

4.蛋白质结构分析明确药物作用的潜在靶点:使用Pymol和pocketpicker等。

2筛选

1.使用AutoDockTools明确蛋白质靶点的坐标。

2.登陆www.vslead.com网站,上传蛋白质文件和靶点信息。选定用来筛选的小分子化合物数据库,譬如中草药,天然产物,或现有药物库。

3.下载筛选结果。

4.使用Pymol或AutoDockTools对结果进行人工评判。

3验证

1.小分子活性验证:根据蛋白质的特性设计相关实验,购买相关化合物。采用双盲加对照实验进行验证(生化、细胞、动物)。

2.作用机制:分子动力学(使用Amber软件)分析了解小分子和蛋白质之间的作用机理。

3.申请专利、发表文章。

4费用评估

5W~10W