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宏基因组及耐药菌分析服务


宏基因组学(metagenomics)是通过非微生物培养的方法对环境中微生物菌落进行调查研究的一门新兴学科,其主要研究对象为菌落中的细菌、古细菌、真菌和病毒等微生物,其主要目的为通过对微生物菌落中微生物的多样性、种群结构及其动态改变、各成员之间相互关系及与环境之间的相互关系等方面的分析,揭示更深层次的遗传与进化规律。

耐药菌是那些在长期的抗生素选择之后出现的对相应抗生素产生耐受能力的微生物。细菌的耐药性是细菌多次与药物接触后,对药物的敏感性减小甚至消失,使药物对耐药菌的疗效降低甚至无效。随着抗菌药物的广泛应用,细菌耐药性也不断增强。在过去的20年出现了许多新的多重耐药、广泛耐药、甚至泛耐药的“超级细菌”,如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,对目前临床使用的所有β内酰胺类耐药,给全球公共卫生领域和临床医学带来巨大的挑战。

从宏基因组分析的角度分析环境中耐药菌相关的信息,提供耐药机制研究相关指导,从根本上解决医药研发难题。

分析的内容:

  • 质量控制

对于提交给我们的测序数据进行质量控制,预处理后得到分析的输入数据。

  • 物种多样性分析

应用预处理好的数据针对构建的抗药基因数据库进行比对,对宏基因组中的数据进行分类分析,了解物种多样性及耐药菌分布并提供不同类型的物种多样性展示结果。

  • 功能分析

提供宏基因组中耐药菌相关基因的功能分析,包括SEED功能分析、KEGG功能分析等。

  • 数据集比较

提供不同宏基因组数据集中耐药菌数据的比较,了解不同环境耐药菌物种的多样性、功能多样性等。

个案展示:

(1)宏基因组中物种多样性分析-两种不同的展示方式

(2)KEGG功能分析

(3)不同数据集物种多样性的比较分析

(4)不同数据集系统发生比较分析