通用计算：包括平衡后体系PDB格式结构信息、RMSD信息和氢键信息
RMSD：查看体系的波动情况，查看体系是否达到平衡
氢键：主要是根据平衡后蛋白PDB结构信息，计算出这一帧蛋白结构的氢键信息，此氢键信息仅供参考，也可用其它软件显示。
计算结合能：MMPBSA，主要根据E_TOT = ELE + VDW + NP_SOLV + P_SOLV公式计算，其中ELE 表示蛋白与小分子结合前后，蛋白与小分子体系的静电相互作用的变化，VDW是结合前后范德华相互作用的变化，NP_SOLV是小分子从真空状态到水环境付出的溶剂化能中的非极性部分，P_SOLV就是溶剂化能中的极性部分查看小分子配体与蛋白的结合能，判断蛋白与小分子的结合亲密性的一个重要依据。
聚类分析：主要是对蛋白的结构信息做一个聚集分类分析，为研究蛋白在动力学过程中的结构变化提供可靠的依据。
有关蛋白质文件的准备，详情参考帮助文档--蛋白质前期准备之用户篇，准备完毕需检查以下情况是否满足
1）蛋白中H原子是否删除
2）断链处以及非链接的部分是否有TER字符，CONECT信息是否删除
3）蛋白中是否含有配体文件，如果有将其删除
4）带有HETATM的非标准氨基酸残基，平台能否处理，是否需要提供所需的lib以及frcmod文件
5）HIS氨基酸残基名是否修改正确
6）含有DNA的体系，用文本查看开头否有P,O1P,O2P原子，如果有将其删掉
Lib文件是包含坐标信息、链接信息和电荷信息的以一个片段为单元的文件。前两列为原子类型信息，最后一列为电荷信息。主要通过导入力场及带电荷的单元文件，保存为lib文件。需要注意的是在第二行“CA”的名称一定要与蛋白文件中的名称相一致，否则会报错。平台可以解决包含二价离子和一价离子以及辅酶的lib信息，如果体系中包含这些内容，不需要单独提供lib文件
一价离子包括：Li+，Na+， K+， Rb+，Cs+，F-，Cl-，Br-，I-
二价离子包括：：Be2+，Cu2+，Ni2+，Zn2+，Co2+，Cr2+，Fe2+，Mg2+，V2+，Mn2+，Hg2+，Cd2+，Ca2+，Sn2+，Sr2+，Ba2+
辅酶包括：GDP，GTP，ADP，FMN, FADH(-)，NADH，NAD(+)，NADPH，NADP(+)，HEME
