通用计算:包括平衡后体系PDB格式结构信息、RMSD信息和氢键信息
RMSD:查看体系的波动情况,查看体系是否达到平衡
氢键:主要是根据平衡后蛋白PDB结构信息,计算出这一帧蛋白结构的氢键信息,此氢键信息仅供参考,也可用其它软件显示。
计算结合能:MMPBSA,主要根据E_TOT = ELE + VDW + NP_SOLV + P_SOLV公式计算,其中ELE 表示蛋白与小分子结合前后,蛋白与小分子体系的静电相互作用的变化,VDW是结合前后范德华相互作用的变化,NP_SOLV是小分子从真空状态到水环境付出的溶剂化能中的非极性部分,P_SOLV就是溶剂化能中的极性部分查看小分子配体与蛋白的结合能,判断蛋白与小分子的结合亲密性的一个重要依据。
聚类分析:主要是对蛋白的结构信息做一个聚集分类分析,为研究蛋白在动力学过程中的结构变化提供可靠的依据。
有关蛋白质文件的准备,详情参考帮助文档--蛋白质前期准备之用户篇,准备完毕需检查以下情况是否满足
1)蛋白中H原子是否删除
2)断链处以及非链接的部分是否有TER字符,CONECT信息是否删除
3)蛋白中是否含有配体文件,如果有将其删除
4)带有HETATM的非标准氨基酸残基,平台能否处理,是否需要提供所需的lib以及frcmod文件
5)HIS氨基酸残基名是否修改正确
6)含有DNA的体系,用文本查看开头否有P,O1P,O2P原子,如果有将其删掉
Lib文件是包含坐标信息、链接信息和电荷信息的以一个片段为单元的文件。前两列为原子类型信息,最后一列为电荷信息。主要通过导入力场及带电荷的单元文件,保存为lib文件。需要注意的是在第二行“CA”的名称一定要与蛋白文件中的名称相一致,否则会报错。平台可以解决包含二价离子和一价离子以及辅酶的lib信息,如果体系中包含这些内容,不需要单独提供lib文件
一价离子包括:Li+,Na+, K+, Rb+,Cs+,F-,Cl-,Br-,I-
二价离子包括::Be2+,Cu2+,Ni2+,Zn2+,Co2+,Cr2+,Fe2+,Mg2+,V2+,Mn2+,Hg2+,Cd2+,Ca2+,Sn2+,Sr2+,Ba2+
辅酶包括:GDP,GTP,ADP,FMN, FADH(-),NADH,NAD(+),NADPH,NADP(+),HEME